Seit 1992 ist an der Bundesforschungsanstalt für Viruskrankheiten der Tiere (BFAV) am Standort Tübingen das nationale Referenzzentrum für BSE und Scrapie (die entsprechende Krankheit beim Schaf) angesiedelt.

Die BFAV wurde seinerzeit mit dem Auftreten der ersten BSE-positiven Importrinder in Deutschland beauftragt, sensitive und diagnostisch eindeutige Nachweisverfahren zu entwickeln. Mittel der Wahl sind für die Tübinger Wissenschaftler der Immunoblot und die Immunohistochemie. Mit diesen Verfahren ist es möglich, krankhaft veränderte Prion-Proteine nachzuweisen, die bei BSE und Scrapie stets auftreten. Diese Verfahren dauern länger als die für Routinezwecke verwendeten BSE-Schnelltests, sind aber geeignet, positive Ergebnisse der Schnelltests eindeutig zu überprüfen. Auch bei den in Tübingen angewandten Verfahren werden Gehirnproben untersucht – eine Untersuchung am lebenden Tier ist also nicht möglich.

BSE-Schnelltests können in allen Labors, die eine Erlaubnis nach der Tierseuchenerreger-Verordnung haben, durchgeführt werden. Die Tests dauern etwa sechs bis acht Stunden. Ein positives Ergebnis kann zunächst nur einen Verdacht begründen, der in einem staatlichen Labor bestätigt oder entkräftet werden muss. Da BSE als anzeigepflichtige Tierseuche gilt, ist dieser Vorgang als hoheitliche Aufgabe anzusehen. Im Fall des BSE-verdächtigen Rindes aus Schleswig-Holstein wurde der positive Befund des Schnelltests mittlerweile von den Tübinger BFAV-Wissenschaftlern bestätigt.

Mit der amtlichen Feststellung von BSE greifen eine Reihe von Maßnahmen, die vom Internationalen Tierseuchenamt (OIE) festgelegt worden sind. So müssen alle Rinder des Bestandes getötet und die Tierkörper durch Verbrennen vernichtet werden. Alle Gehirne der betroffenen Rinder werden in den Staatlichen Veterinäruntersuchungsämtern auf BSE untersucht, möglicherweise positive Proben werden am nationalen Referenzzentrum in Tübingen nachuntersucht. Darüber hinaus erfolgen epidemiologische Untersuchungen, um alle ansteckungsverdächtigen Tiere (z. B. Mutter, Geschwister und Rinder, die das gleiche potenziell infektiöse Futter erhalten haben) zu identifizieren und die Infektionsursache zu klären. Auch hierfür stehen an der BFAV Experten des Instituts für Epidemiologie in Wusterhausen bei Berlin bereit.

Die BSE-Schnelltests müssen gemäß deutschem Tierseuchengesetz vor ihrem Einsatz amtlich zugelassen werden. Zuständig ist auch hier das nationale Referenzzentrum für BSE. Für zwei Verfahren ist eine Zulassung beantragt (Tests der schweizerischen Firma Prionics und der französischen Firma Bio-rad). Beide Verfahren wurden EU-weit an rund 1.400 Tieren getestet und gelten als praktikabel und recht zuverlässig. In Deutschland können sie bis zur endgültigen Zulassung aufgrund einer Ausnahmegenehmigung angewendet werden. Nach den bisher gemachten Erfahrungen ist es unbedingt notwendig, die Testsysteme vor ihrem großflächigen Einsatz zu standardisieren und ihre Qualität zu sichern. Hierfür wird in Kürze eine Bund/Länder-Arbeitsgruppe einberufen, die die Modalitäten der Anwendung abstimmen soll.